clear?all
close?all
disp（‘The?only?input?needed?is?a?distance?matrix?file‘）
disp（‘The?format?of?this?file?should?be:?‘）
disp（‘Column?1:?id?of?element?i‘）
disp（‘Column?2:?id?of?element?j‘）
disp（‘Column?3:?dist（ij）‘）
mdist=input（‘name?of?the?distance?matrix?file\n‘‘s‘）;
disp（‘Reading?input?distance?matrix‘）
xx=load（mdist）;
ND=max（xx（:2））;
NL=max（xx（:1））;
if?（NL>ND）
??ND=NL;
end
N=size（xx1）;
for?i=1:ND
??for?j=1:ND
????dist（ij）=0;
??end
end
for?i=1:N
??ii=xx（i1）;
??jj=xx（i2）;
??dist（iijj）=xx（i3）;
??dist（jjii）=xx（i3）;
end
percent=2.0;
fprintf（‘average?percentage?of?neighbours?（hard?coded）:?%5.6f\n‘?percent）;

position=round（N*percent/100）;
sda=sort（xx（:3））;
dc=sda（position）;

fprintf（‘Computing?Rho?with?gaussian?kernel?of?radius:?%12.6f\n‘?dc）;


for?i=1:ND
??rho（i）=0.;
end
%
%?Gaussian?kernel
%
for?i=1:ND-1
??for?j=i+1:ND
?????rho（i）=rho（i）+exp（-（dist（ij）/dc）*（dist（ij）/dc））;
?????rho（j）=rho（j）+exp（-（dist（ij）/dc）*（dist（ij）/dc））;
??end
end
%
%?“Cut?off“?kernel
%
%for?i=1:ND-1
%??for?j=i+1:ND
%????if?（dist（ij）%???????rho（i）=rho（i）+1.;
%???????rho（j）=rho（j）+1.;
%????end
%??end
%end

maxd=max（max（dist））;

[rho_sortedordrho]=sort（rho‘descend‘）;
delta（ordrho（1））=-1.;
nneigh（ordrho（1））=0;

for?ii=2:ND
???delta（ordrho（ii））=maxd;
???for?jj=1:ii-1
?????if（dist（ordrho（ii）ordrho（jj））????????delta（ordrho（ii））=dist（ordrho（ii）ordrho（jj））;
????????nneigh（ordrho（ii））=ordrho（jj）;
?????end
???end
end
delta（ordrho（1））=max（delta（:））;
disp（‘Generated?file:DECISION?GRAPH‘）
disp（‘column?1:Density‘）
disp（‘column?2:Delta‘）

fid?=?fopen（‘DECISION_GRAPH‘?‘w‘）;
for?i=1:ND
???fprintf（fid?‘%6.2f?%6.2f\n‘?rho（i）delta（i））;
end

disp（‘Select?a?rectangle?enclosing?cluster?centers‘）
scrsz?=?get（0‘ScreenSize‘）;
figure（‘Position‘[6?72?scrsz（3）/4.?scrsz（4）/1.3]）;
for?i=1:ND
??ind（i）=i;
??gamma（i）=rho（i）*delta（i）;
end
subplot（211）
tt=plot（rho（:）delta（:）‘o‘‘MarkerSize‘5‘MarkerFaceColor‘‘k‘‘MarkerEdgeColor‘‘k‘）;
title?（‘Decision?Graph‘‘FontSize‘15.0）
xlabel?（‘\rho‘）
ylabel?（‘\delta‘）


subplot（211）
rect?=?getrect（1）;
rhomin=rect（1）;
deltamin=rect（2）;
NCLUST=0;
for?i=1:ND
??cl（i）=-1;
end
for?i=1:ND
??if?（?（rho（i）>rhomin）?&&?（delta（i）>deltamin））
?????NCLUST=NCLUST+1;
?????cl（i）=NCLUST;
??