“““
Main?script?for?running?tissue-specific?graph?walk?experiments?to?convergence.

“““
import?sys
import?argparse
from?walker?import?Walker

def?generate_seed_list（seed_file）:
????“““?Read?seed?file?into?a?list.?“““
????seed_list?=?[]

????try:
????????fp?=?open（seed_file?“r“）
????except?IOError:
????????sys.exit（“Error?opening?file?{}“.format（seed_file））

????for?line?in?fp.readlines（）:
????????info?=?line.rstrip（）.split（）
????????if?len（info）?>?1:
????????????seed_list.append（info[1]）
????????else:
????????????seed_list.append（info[0]）

????fp.close（）
????return?seed_list

def?get_node_list（node_file）:
????node_list?=?[]
????try:
????????fp?=?open（node_file?‘r‘）
????except?IOError:
????????sys.exit（‘Could?not?open?file:?{}‘.format（node_file））

????#?read?the?first?（i.e.?largest）?connected?component
????cur_line?=?fp.readline（）
????while?cur_line?and?not?cur_line.isspace（）:
????????if?cur_line:
????????????node_list.append（cur_line.rstrip（））
????????cur_line?=?fp.readline（）

????fp.close（）
????return?node_list

def?main（argv）:

????#?set?up?argument?parsing
????parser?=?argparse.ArgumentParser（）
????parser.add_argument（‘input_graph‘?help=‘Original?graph?input?file?in\
?????????????????????????????????????????????edge?list?format‘）
????parser.add_argument（‘seed‘?help=‘Seed?file?to?pull?start?nodes?from‘）
????parser.add_argument（‘-e‘?‘--restart_prob‘?type=float?default=0.7
????????????????????????help=‘Restart?probability?for?random?walk‘）
????parser.add_argument（‘-l‘?‘--low_list‘?nargs=‘?‘?default=None
????????????????????????help=‘?List?of?genes?expressed?and\
??????????????????????????????unexpressed?in?the?current?tissue?if?applicable‘）
????parser.add_argument（‘-n‘?‘--node_list‘?nargs=‘?‘?default=None
????????????????????????help=‘?Order?of?output?probs‘）
????parser.add_argument（‘-o‘?‘--original_graph_prob‘?type=float?default=0.1
????????????????????????help=‘Probability?of?walking?on?the?original?（non-\
??????????????????????????????tissue?specific）?graph?if?applicable‘）
????parser.add_argument（‘-r‘?‘--remove‘?nargs=‘+‘
????????????????????????help=‘?Nodes?to?remove?from?the?graph?if?any‘）
????opts?=?parser.parse_args（）

????seed_list?=?generate_seed_list（opts.seed）
????node_list?=?get_node_list（opts.node_list）?if?opts.node_list?else?[]

????#?filter?nodes?we?want?to?remove?out?of?the?starting?seed?if?any
????remove_list?=?opts.remove?if?opts.remove?else?[]
????if?remove_list:
????????seed_list?=?[s?for?s?in?seed_list?if?s?not?in?remove_list]

????#?run?the?experiments?and?write?a?rank?list?to?stdout
????wk?=?Walker（opts.input_graph?opts.low_list?remove_list）
????wk.run_exp（seed_list?opts.restart_prob
???????????????opts.original_graph_prob?node_list）


if?__name__?==?‘__main__‘:
????main（sys.argv）

?屬性????????????大小?????日期????時間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
?????目錄???????????0??2018-09-04?14:59??Walker-master\
?????文件???????????6??2018-09-04?14:59??Walker-master\.gitignore
?????文件????????1061??2018-09-04?14:59??Walker-master\LICENCE
?????文件????????2147??2018-09-04?14:59??Walker-master\README.md
?????文件????????2820??2018-09-04?14:59??Walker-master\run_walker.py
?????目錄???????????0??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\
?????文件?????????533??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\build_matrix.py
?????文件????????3900??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\generate_difference.py
?????文件????????2834??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\generate_rankings.py
?????文件?????????814??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\generate_seeds.py
?????文件?????????814??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\remove_source.py
?????文件????????1758??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\shared_functions.py
?????文件?????????569??2018-09-04?14:59??Walker-master\scripts\transform_matrix.py
?????目錄???????????0??2018-09-04?14:59??Walker-master\testdata\
?????文件??????????29??2018-09-04?14:59??Walker-master\testdata\test_low_list.txt
?????文件??????????48??2018-09-04?14:59??Walker-master\testdata\test_network.ppi
?????文件???????????4??2018-09-04?14:59??Walker-master\testdata\test_seed.txt
?????文件????????8543??2018-09-04?14:59??Walker-master\walker.py