DOS主要由三個基本文件和一些外部命令構成，外部命令的概念我們將在以后介紹，這里主要說明三個基本文件(又稱為系統文件)。這三個基本文件是MSDOS.SYS，IO.SYS和COMMAND.COM(如果是PC-DOS，則為IBMDOS.COM，IBMBIO.COM和COMMAND.COM)。其中MSDOS.SYS稱為DOS內核(可見MSDOS.SYS是個非常重要的文件)，它主要是用來管理和啟動系統的各個部件，為DOS的引導作好準備工作。IO.SYS(IO為Input&Output的縮寫，意即“輸入輸出”)主要負責系統的基本輸入和輸出，即DOS與各部件之間的聯系。COMMAND.COM文件(COMMAND是“命令”的意思)是DOS與用戶的接口，它主要提供了一些DOS的內部命令，并能接受、判別并執行用戶輸入的命令。磁盤是否具有啟動DOS的能力，就看是否具有這三個文件，具有這三個文件的磁盤，就稱作引導盤。而除此之外還包含許多DOS外部命令的磁盤則稱為系統盤。 最后要注意的是，MSDOS.SYS和IO.SYS兩個文件的存儲位置是有限制的，它們必須位于磁盤物理位置的最前面，否則將失去引導能力。