本發明公開了一種智能卡一卡一密方法和系統，其方法包括如下步驟：將智能卡系統操作密碼與智能卡序列號混合加密后形成智能卡訪問密碼，存儲于智能卡內；當對智能卡進行訪問時，必須先輸入訪問密碼，智能卡核對訪問密碼是否正確，如是，可以訪問，如否，拒絕訪問。其系統包括智能卡，密碼輸入裝置，管理卡，加密裝置一和機具。本發明因為采用了上述技術方案，使得對每一張智能卡都可以提供一個唯一密碼，不僅保證不同客戶的智能卡和智能卡讀寫機具相互不可串用，即使某張智能卡或某臺智能卡讀寫機具的訪問密碼被意外泄露或被惡意破譯，仍然無法知道其它智能卡的訪問密碼，也避免了內部人員作弊。