電子商務系統的總體設計是系統設計的一個重要部分，是在系統規劃的體系結構的基礎上，針對企業電子商務目標，界定系統的外部邊界和接口，刻畫系統的內部組成及其相互關系，描述系統的處理過程，確定未來電子商務系統的邏輯結構。 信息系統設計主要按從上至下的順序，首先設計系統的總體結構，然后再逐層深入，直至進行每一個子系統和模塊的詳細設計。其中，總體設計是指在系統分析的基礎上，對整個系統的結構、功能劃分（子系統及模塊）、系統軟硬件環境（包括系統運行的軟件環境架構、硬件設備）的配置、系統接口及集成和部署方案等方面進行合理安排。詳細設計則是在總體設計的基礎上，對各子系統及模塊的輸入、輸出、處理和數據存儲等內容進一步細化，使其能直接指導后續的系統開發工作。