對于只有一個Windows的系統，很簡單：制作一張包含FDISK程序的啟動軟盤，用軟盤啟動機器，然后在命令行執行FDISK/MBR。這個命令重置MBR，使得系統直接啟動Windows。但是，如果系統在安裝Linux之前有多個Windows，按照這種方式運行FDISK /MBR命令將覆蓋Windows多重啟動菜單，使得機器只能從默認的主操作系統啟動。要清除LILO或GRUB返回以前的Windows啟動界面，最快速、可靠的辦法是使用Windows的故障恢復控制臺。故障恢復控制臺可以從Windows CD訪問，也可以安裝到系統上。