文件系統都會被燒錄在與某一存儲設備上。在嵌入式設備上很少使用大容量的IDE 硬盤作為自己的存儲設備，嵌入式設備往往選用ROM、閃存（flash memory）等作為它的主要存儲設備。在嵌入式設備上選用哪種文件系統格式與閃存的特點是相關的。