Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/parsing_blast_result.pl [options] blast.out > blast.tab 對BLAST的xml或tab格式的結果進行解析和過濾，得到更準確的BLAST結果。結果為表格形式（BLAST outfmt6），結果按query序列的ID排序，每個query序列的比對結果按得分排序。 --type default: xml 設置輸入BLAST結果文件的類型。可以設置為xml或tab兩種類型。 若是tab格式，則BLAST結果中沒有query與subject的序列長度信息，默認設置下無法使用--subject-coverage和--query-coverage參數的覆蓋率閾值對結果進行過濾。在設置--db-subject輸入數據庫FASTA文件后可以使用--subject-coverage參數進行過濾；在設置--db-query輸入query序列FASTA文件后可以使用--query-coverage參數進行過濾。 若是xml格式，結果文件中包含query和subject長度信息，從而不需要使用--db-subject和--db-query參數輸入FASTA序列文件。 --no-header 添加該參數則不輸出表頭。 --max-hit-num default: 20 設置允許的最大hit數量。 --evalue default: 1e-5 設置HSP的evalue閾值。 --identity default: 0.05 設置HSP的identity閾值。 --CIP default: 0.2 設置cumulative identity percentage閾值（這里依然使用了比值，單位不是%，所以其值要設置不大于1，默認值0.2表示20%閾值），對Hit進行過濾。CIP = 所有HSPs的一致位點之和 / 所有HSPs的比對長度之和。 --subject-coverage default: 0.2 設置所有HSPs對subject序列總體的覆蓋率閾值。該參數閾值在文獻中也被稱為CALP（cumulative alignment length percentage），即 sum of all HSPs / subject length。 --db-subject 輸入數據庫的FASTA文件，以獲取subject序列長度信息。 --query-coverage default: 0.2 設置所有HSPs對query序列總體的覆蓋率閾值。該參數閾值在文獻中也被稱為CALP（cumulative alignment length percentage），即 sum of all HSPs / query length。 --db-query 輸入query序列的FASTA文件，以獲取query序列長度信息。 --percentage-of-top-bitscore default: 100 使用bitscore得分對hit進行過濾，設置輸出hits的bitscore得分和最高得分相差不超過最高得分的百分數。hit若有多個HSPs，則取最高的HSP得分作為hit的得分；若數據庫非常大，則推薦將設置該參數值設置為10，則能極大減少比對結果，保留最準確的結果；若數據庫比較小，則推薦設置該參數值為50，或使用默認值；使用該參數來減少比對結果，優于僅使用最優比對結果。 --HSP-num default: max 若一個hit有多個HSPs，該參數設置輸出得分指定數目個最高的HSPs。默認輸出所有的HSPs。 --out-hit-confidence 添加該參數，則在表格結果第13、14和15列分別輸出Hit的CIP、CALP_query、CALP_subject值。 --suject-annotation 若--type參數的值是xml，添加該參數可以生效，則額外增加最后一列suject annotation注釋結果。