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資源簡介

文件用于計算fasta文件中基因序列的N50、基因條數、最短最長的序列條數。將腳本文件拷貝至fasta文件目錄下，使用方法：python cal_N50.py 跳出“Enter your fasta/fa name: ”后，輸入你當前目錄下的fasta文件名后回車即可

資源截圖

代碼片段和文件信息 

#GC_N50.py
print?‘Python?and?Biopython?needed?for?running?this?script!‘
print?“script?for?calculating?N50?of?assembly“
fasta?=?raw_input（‘Enter?your?fasta/fa?name:?‘）
#?N50?calculation
baseSumLength=?0[]
ValueSumN50?=?00
no_cno_gno_ano_tno_n?=?00000
from?Bio?import?SeqIO
for?record?in?SeqIO.parse（open（fasta）?“fasta“）:
???baseSum?+=?len（record.seq）
???Length.append（len（record.seq））
???seq?=record.seq.lower（）
???no_c+=seq.count

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