#!\Anaconda3\envs\py35?python

#?-*-?coding:?utf-8?-*-
#!@Time???:?2018/6/1?15:39
#!@Author?:?python
#!@File???:?.py



from?operator?import?eq
import?numpy?as?np
import?pydicom?as?dicom
from?skimage.measure?import?label
from?skimage.measure?import?regionprops
from?skimage.morphology?import?thin

import?matplotlib.pyplot?as?plt
import?cv2


def?regiongrowth（orig_image?seed_matrix?threshold）:
????“““區域生長算法

????#?Arguments：
????????orig_image：待分割圖像
????????seed_matrix：種子矩陣
????????threshold：生長條件，即待分割圖中的像素值與目標像素值之間的可承受的差值
????#?Returns
????????seg：最終分割后的mask
????????num_region：分割區域的個數

????#?Example
????????regiongrow（orig_image?seed_matrix?50）

????“““
????orig_image?=?np.array（orig_image?dtype=np.float32）?????????????????????????#?將圖像數值格式轉為float

????markers?=?thin（seed_matrix）?????????????????????????????????????????????????#?將種子所在區域縮小為一個點，后面限定區域時使用
????coordinate_nonzero?=?markers.nonzero（）??????????????????????????????????????#?當種子為矩陣時，獲取種子點的坐標值
????coordinate_nonzero?=?np.transpose（coordinate_nonzero）???????????????????????#?獲取種子點的坐標值的轉置
????seed_value?=?[]
????for?coordinate_i?in?coordinate_nonzero:
????????seed_value.append（orig_image[coordinate_i[0]?coordinate_i[1]]）?????????#?獲取種子點的灰度值

????size_x?size_y?=?orig_image.shape
????seg_image?=?np.array（np.zeros（（size_x?size_y））?dtype=bool）????????????????#?初始化一個bool格式的矩陣儲存分割結果

????for?i?each_seed_value?in?enumerate（seed_value）:
????????all_satisfied?=?abs（orig_image?-?each_seed_value）?<=?threshold??????????#?所有滿足單個種子點閾值條件的像素點
????????seg_image?=?seg_image?|?all_satisfied???????????????????????????????????#?所有滿足多有種子點閾值條件的像素點

????label_seg_image?=?label（seg_image）??????????????????????????????????????????#?將所有連通區域打label
????area_region?=?regionprops（label_seg_image）??????????????????????????????????#?統計被標記的區域的面積分布，返回值為顯示區域總數

????seg?=?np.array（np.zeros（（size_x?size_y））?dtype=np.float32）????????????????#?初始化一個float格式的矩陣儲存分割結果
????for?masker?in?coordinate_nonzero:???????????????????????????????????????????#?提取maskers所在的連通區域
????????for?each_area_region?in?area_region:
????????????for?coord?in?each_area_region.coords:
????????????????if?sum（eq（coord?masker））?==?2:?????????????????????????????????#?若連通區域中包含masker，則保留此連通區域
????????????????????for?idx?in?each_area_region.coords:
?????????????