“““
Main?script?for?running?tissue-specific?graph?walk?experiments?to?convergence.

“““
import?sys
import?argparse
from?walker?import?Walker

def?generate_seed_list（seed_file）:
????“““?Read?seed?file?into?a?list.?“““
????seed_list?=?[]

????try:
????????fp?=?open（seed_file?“r“）
????except?IOError:
????????sys.exit（“Error?opening?file?{}“.format（seed_file））

????for?line?in?fp.readlines（）:
????????info?=?line.rstrip（）.split（）
????????if?len（info）?>?1:
????????????seed_list.append（info[1]）
????????else:
????????????seed_list.append（info[0]）

????fp.close（）
????return?seed_list

def?get_node_list（node_file）:
????node_list?=?[]
????try:
????????fp?=?open（node_file?‘r‘）
????except?IOError:
????????sys.exit（‘Could?not?open?file:?{}‘.format（node_file））

????#?read?the?first?（i.e.?largest）?connected?component
????cur_line?=?fp.readline（）
????while?cur_line?and?not?cur_line.isspace（）:
????????if?cur_line:
????????????node_list.append（cur_line.rstrip（））
????????cur_line?=?fp.readline（）

????fp.close（）
????return?node_list

def?main（argv）:

????#?set?up?argument?parsing
????parser?=?argparse.ArgumentParser（）
????parser.add_argument（‘input_graph‘?help=‘Original?graph?input?file?in\
?????????????????????????????????????????????edge?list?format‘）
????parser.add_argument（‘seed‘?help=‘Seed?file?to?pull?start?nodes?from‘）
????parser.add_argument（‘-e‘?‘--restart_prob‘?type=float?default=0.7
????????????????????????help=‘Res