#?-*-?coding:?utf-8?-*-
import?cv2
import?matplotlib.pyplot?as?plt
import?numpy?as?np
import?scipy
from?matplotlib.patches?import?Circle
from?PIL?import?Image
from?skimage?import?filters
from?skimage.measure?import?label?regionprops
from?skimage.morphology?import?closing?dilation?disk?opening?square

plt.close（‘all‘）
#%%
filename?=?‘3.jpg‘
img_raw?=?Image.open（filename）
img_raw?=?img_raw.resize（（14401080））
img_rgb?=?np.array（img_raw?dtype=np.float32）?/?255.0
img_rgb?=?img_rgb[:?:1080?:]
h?w?=?img_rgb.shape[0:2]
plt.figure（）
plt.imshow（img_rgb）
plt.title（‘Original?Image‘）
plt.axis（‘off‘）
#%%?提取ROI
img_hsv?=?cv2.cvtColor（img_rgb?cv2.COLOR_BGR2HSV）
img_gray?=?img_hsv[...?2]
mask?=?img_gray?>?0.5
img_mask?=?img_rgb?*?np.dstack（（mask?mask?mask））

stats?=?regionprops（label（mask））
bbox?=?stats[0].bbox
roi_1?=?img_mask[bbox[0]:+bbox[2]?bbox[1]:bbox[3]?:]

plt.figure（）
plt.imshow（roi_1）
plt.title（‘Circle?ROI‘）
plt.axis（‘off‘）

b_h?=?int（（bbox[2]?-?bbox[0]）?*?（1?-?np.sqrt（2）?/?2）?/?2）
b_w?=?int（（bbox[3]?-?bbox[1]）?*?（1?-?np.sqrt（2）?/?2）?/?2）
roi_2?=?roi_1[b_h:-b_h?b_w:-b_w?:]

plt.figure（）
plt.imshow（roi_2）
plt.title（‘Rectangle?ROI‘）
plt.axis（‘off‘）
#%%?二值化
roi_gray?=?cv2.cvtColor（roi_2?cv2.COLOR_BGR2GRAY）
plt.figure（）
plt.imshow（roi_gray?cmap=‘gray‘）
plt.title（‘Gray?Color‘）
plt.axis（‘off‘）

threshold?=?filters.threshold_otsu（roi_gray）
roi_bin?=?（roi_gray?plt.figure（）
plt.imshow（roi_bin?cmap=‘gray‘）
plt.title（‘Binary?Reuslt‘）
plt.axis（‘off‘）
#%%?形態操作
roi_pad?=?np.pad（roi_bin?（1?1）?‘constant‘?constant_values=1）
for?i?in?range（roi_pad.shape[0]）:
????if?np.sum（roi_pad[i?1:20]）?==?0:
????????roi_pad[i?0]?=?0
????????break
roi_fill?=?scipy.ndimage.binary_fill_holes（roi_pad）
roi_fill?=?roi_fill[1:-1?1:-1]
plt.figure（）
plt.imshow（roi_fill?cmap=‘gray‘）
plt.title（‘Fill?Holes?Reuslt‘）
plt.axis（‘off‘）

roi_open?=?opening（roi_fill?square（6））
plt.figure（）
plt.imshow（roi_open?cmap=‘gray‘）
plt.title（‘Image?Opening?Reuslt‘）
plt.axis（‘off‘）
#%%?細胞計數
plt.figure（）
plt.imshow（roi_2）
plt.title（‘Detect?Reuslt‘）
plt.axis（‘off‘）
ax?=?plt.gca（）
stats?=?regionprops（label（roi_open?neighbors=4）?coordinates=‘xy‘）

areas?=?np.zeros（（len（stats）?1））
centers?=?np.zeros（（len（stats）?2））
radius?=?np.zeros（（len（stats）?1））
for?i?in?range（len（stats））:
????centers[i?:]?=?stats[i].centroid
????areas[i]?=?stats[i].area
????radius[i]?=?（stats[i].major_axis_length?+?stats[i].minor_axis_length）?/?4.0
????patch?=?Circle（（centers[i?1]?centers[i?0]）?radius[i]?*?1.2?color=‘red‘?fill=False）
????ax.add_patch（patch）

cell_num?=?len（stats）
area_mean?=?np.mean（areas）
area_std?=?np.std（areas）
radius_mean?=?np.mean（radius）

print（‘細胞個數：{:d}‘.format（cell_num））
print（‘細胞平均面積，{:.2f}‘.format（area_mean））
print（‘細胞平均半徑，{:.2f}‘.format（radius_mean））

?屬性????????????大小?????日期????時間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
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?????文件??????112255??2019-03-26?17:12??粘連細胞分割\1.jpg
?????文件??????139436??2019-03-26?17:12??粘連細胞分割\2.jpg
?????文件??????121746??2019-03-26?17:12??粘連細胞分割\3.jpg
?????目錄???????????0??2019-03-31?15:40??粘連細胞分割\__pycache__\
?????文件????????1420??2019-03-31?15:40??粘連細胞分割\__pycache__\utils.cpython-35.pyc
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?????文件????????4121??2019-03-31?15:45??粘連細胞分割\main2.py
?????文件????????1068??2019-03-31?15:40??粘連細胞分割\utils.py
?????文件?????????106??2019-03-31?15:47??粘連細胞分割\參考資料.txt
?????目錄???????????0??2019-03-29?20:50??粘連細胞分割\新圖\
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?????文件?????1327158??2018-06-11?10:00??粘連細胞分割\新圖\blood.bmp
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?????文件???????32238??2019-03-25?21:40??粘連細胞分割\新圖\timg.jpg
?????文件?????3323191??2019-03-26?20:55??粘連細胞分割\紅細胞識別系統的設計與實現.pdf