%analyze_series8.m

%?Copyright?2004-2010?The?MathWorks?Inc.

%start?with?clean?slate?（nobkpt）
clear???????%no?variables
close?all???%no?figures
clc?????????%empty?command?window

%%?Data?Access
%----------------------------------------------------------------------

%DICOM?support?（nobkpt）
web（[docroot?‘/toolbox/images/intro19.html‘]）

%filename?convention?used?in?image?series?（nobkpt）
prefix?=?‘Series?8\I0000‘;
fnum?=?417:476;
ext?=?‘_anon.dcm‘;

%first?filename?in?series?（nobkpt）
fname?=?[prefix?num2str（fnum（1））?ext];

%examine?file?header?（nobkpt）
info?=?dicominfo（fname）

%extract?size?info?from?metadata?（nobkpt）
voxel_size?=?[info.PixelSpacing;?info.SliceThickness]‘

%read?slice?images;?populate?XYZ?matrix
hWaitBar?=?waitbar（0‘Reading?DICOM?files‘）;
for?i=length（fnum）:-1:1
??fname?=?[prefix?num2str（fnum（i））?ext];
??D（::i）?=?uint16（dicomread（fname））;
??waitbar（（length（fnum）-i）/length（fnum））
end
delete（hWaitBar）
whos?D

%%?Visualization
%----------------------------------------------------------------------

%explore?image?data?using?Image?Viewer?GUI?tool
i?=?30;??%middle?slice
im?=?squeeze（D（::i））;
max_level?=?double（max（D（:）））;?
imview（im[0?max_level]）

%custom?display?-?image?data
fig1?=?figure;
max_level?=?double（max（D（:）））;?
imshow（im[0?max_level]）
title（‘Coronal?Slice?#30‘）
set（fig1‘position‘[601?58?392?314]）
imview?close?all

%add?intensity?legend
colorbar

%change?colormap
colormap?jet

%3D?visualization?（doc:?contourslice?isosurface?&?isocap）
docsearch（‘visualizing?mri?data‘）

%explore?3D?volumetric?data?using?Slice-O-Matic?GUI?tool?（nobkpt）
addpath（‘D:\work\Demos\others\sliceomatic‘）
sliceomatic（double（D））
%ref:?submission?#780?@?www.mathworks.com/matlabcentral?（nobkpt）
hSlico1?=?gcf;
daspect（1./voxel_size）
movegui（‘northwest‘）

%reorient?data?for?easier?interpretation?（stand?patient?up）
D?=?permute（D[3?2?1]）;
voxel_size?=?voxel_size（[1?3?2]）;
for?i=1:3
??D?=?flipdim（Di）;
end
whos?D

%explore?rotated?3D?volume?（new?Slice-O-Matic?viwer）?-?nobkpt
if?ishandle（hSlico1）?delete（hSlico1）?end
sliceomatic（double（D））
daspect（1./voxel_size）
hSlico2?=?gcf;
set（hSlico2‘position‘[455?63?560?420]）

%intensity?distribution?also?useful?（more?custom?graphics）
%max_level?=?double（max（D（:）））;?
my_map?=?jet（max_level）;
fig2?=?figure;?

%intensity?distribution?-?top?2/3?（nobkpt）
subplot（311:2）
hist（double（im（:））max_level）
axis（[0?max_level?0?900]）
title（‘Distribution‘）

%color?scale?-?bottom?1/3?（nobkpt）
subplot（313）
imagesc（1:max_level）
colormap（my_map）
xlim（[0?max_level]）
set（gca‘ytick‘[]）
ylabel（‘Color?Map‘）
xlabel（‘Intensity‘）
set（fig2‘position‘[22?60?560?300]‘render‘‘zbuffer‘）
set（fig1‘position‘[601?68?392?314]）
figure（fig1）

%%?Segmentation
%----------------------------------------------------------------------

%ignore?low?levels?（backround?air?CSF?&?other?soft??tissues）
%using?custom?GUI?tool?to?select?b

?屬性????????????大小?????日期????時間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
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?????文件?????????427??2010-01-13?12:12??MRI?Brain?Scan\isinteger.m
?????文件?????????775??2010-01-13?12:12??MRI?Brain?Scan\limits.m
?????文件????????1559??2010-01-13?12:12??MRI?Brain?Scan\move_vline.m
?????文件?????????297??2010-01-13?12:12??MRI?Brain?Scan\movex_text.m
?????文件????????5421??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\ReadMe.txt
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000417_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000418_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000419_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000420_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000421_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000422_anon.dcm
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?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000424_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000425_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000426_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000427_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000428_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000429_anon.dcm
?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000430_anon.dcm
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?????文件??????132740??2010-01-13?12:09??MRI?Brain?Scan\Series?8\I0000441_anon.dcm
............此處省略39個文件信息