#?-*-?coding:?utf-8?-*-
“““
Created?on?Mon?Oct?20?13:38:18?2014

@author:?Shaobo
The?best?of?all
“““

import?numpy?as?np
import?matplotlib.pyplot?as?plt
import?random

MAX?=?1000000

def?nearestNeighbor（index）:
????dd?=?MAX
????neighbor?=?-1
????for?i?in?range（length）:
????????if?dist[index?i]?????????????dd?=?dist[index?i]
????????????neighbor?=?i
????if?result[neighbor]?==?-1:
????????result[neighbor]?=?nearestNeighbor（neighbor）
????return?result[neighbor]

#Read?data
fileName?=?raw_input（“Enter?the?file‘s?name:?“）
location?=?[]
label?=?[]
for?line?in?open（fileName?“r“）:
????items?=?line.strip（“\n“）.split（““）
????label.append（int（items.pop（）））
????tmp?=?[]
????for?item?in?items:
????????tmp.append（float（item））
????location.append（tmp）
location?=?np.array（location）
label?=?np.array（label）
length?=?len（location）

#Caculate?distance
dist?=?np.zeros（（length?length））
ll?=?[]
begin?=?0
while?begin?????end?=?begin?+?1
????while?end?????????dd?=?np.linalg.norm（location[begin]-location[end]）
????????dist[begin][end]?=?dd
????????dist[end][begin]?=?dd
????????ll.append（dd）
????????end?=?end?+?1
????begin?=?begin?+?1
ll?=?np.array（ll）
#?Algorithm????????
#percent?=?float（raw_input（“Enter?the?average?percentage?of?neighbours:?“））
percent?=?2.0
position?=?int（len（ll）?*?percent?/?100）
sortedll?=?np.sort（ll）
dc?=?sortedll[position]?#閾值
#求點的局部密度（local?density）
rho?=?np.zeros（（length?1））
begin?=?0
while?begin?????end?=?begin?+?1
????while?end?????????rho[begin]?=?rho[begin]?+?exp（-（dist[begin][end]/dc）?**?2）
????????rho[end]?=?rho[end]?+?exp（-（dist[begin][end]/dc）?**?2）
????????#if?dist[begin][end]?????????#????rho[begin]?=?rho[begin]?+?1
????????#????rho[end]?=?rho[end]?+?1
????????end?=?end?+?1
????begin?=?begin?+?1

#求比點的局部密度大的點到該點的最小距離
delta?=?np.ones（（length?1））?*?MAX
maxDensity?=?np.max（rho）
begin?=?0
while?begin?????if?rho[begin]?????????end?=?0
????????while?end?????????????if?rho[end]?>?rho[begin]?and?dist[begin][end]?????????????????delta[begin]?=?dist[begin][end]
????????????end?=?end?+?1
????else:
????????delta[begin]?=?0.0
????????end?=?0
????????while?end?????????????if?dist[begin][end]?>?delta[begin]:
????????????????delta[begin]?=?dist[begin][end]
????????????end?=?end?+?1
????begin?=?begin?+?1

rate1?=?0.6
#Aggregation?Spiral?0.6
#Jain?Flame?0.8
#D31?0.75
#R15?0.6
#Compound?0.5
#Pathbased?0.2
thRho?=?rate1?*?（np.max（rho）?-?np.min（rho））?+?np.min（rho）

rate2?=?0.2
#Aggregation?Spiral?0.2
#Jain?Flame?0.2
#D31?0.05
#R15?0.1
#Compound?0.08
#Pathbased?0.4
thDel?=?rate2?*?（np.max（delta）?-?np.min（delta））?+?np.min（delta）

#確定聚類中心
result?=?np.ones（length?dtype=np.int）?*?（-1）
center?=?0
#items?=?range（length）
#random.shuffle（items）
for?i?in?range（length）:?#items:
????if?rho[i]?>?thRho?and?delta

?屬性????????????大小?????日期????時間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
?????目錄???????????0??2014-10-22?22:46??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\
?????文件???????10427??2014-10-18?10:10??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Aggregation.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?14:05??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Aggregation結(jié)果_v3.tif
?????文件????????4053??2014-10-20?21:24??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Clustering_v3.py
?????文件????????5421??2014-10-18?20:05??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Compound.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?17:56??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Compound結(jié)果_v3.tif
?????文件???????59098??2014-10-18?20:05??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\D31.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?14:22??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\D31結(jié)果_v3.tif
?????文件????????3127??2014-10-18?20:06??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Flame.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?17:55??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Flame結(jié)果_v3.tif
?????文件????????4933??2014-10-18?20:06??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Jain.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?17:53??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Jain結(jié)果_v3.tif
?????文件????????4085??2014-10-18?20:06??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Pathbased.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?17:51??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Pathbased結(jié)果_v3.tif
?????文件????????9548??2014-10-18?20:07??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\R15.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?14:11??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\R15結(jié)果_v3.tif
?????文件????????4200??2014-10-18?20:07??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Spiral.txt
?????文件?????1904194??2014-10-20?14:00??算法的python實現(xiàn)代碼、測試數(shù)據(jù)集及結(jié)果\Spiral結(jié)果_v3.tif