function?HCA（）
%UNtitleD2?Summary?of?this?function?goes?here
%???Detailed?explanation?goes?here
clear;clc
DataSet?=?load（‘testSet.txt‘）;
index_of_cluster?=?core（DataSet）;
plot_points（DataSet?index_of_cluster）;
%X?=?DataSet;
%Y?=?pdist（X‘cityblock‘）;
%Z?=?linkage（Y‘average‘）;
%[HT]?=?dendrogram（Z‘colorthreshold‘‘default‘）;
%set（H‘LineWidth‘2）
end


function?index_of_cluster?=?core（DataSet）
DS_size?=?size（DataSet）;
min_distance?=?+inf;min_index?=?zeros（12）;
index_of_cluster?=?1:DS_size（1）;
unique_index?=?unique（index_of_cluster）;
size_unique?=?size（unique_index）;
while（size_unique（2）>4）
????for?i=unique_index
????????for?j=unique_index（unique_index?>?i）
????????????temp_distance?=?distance_in_clusters（DataSet（index_of_cluster==i:）?DataSet（index_of_cluster==j:））;?%error.
????????????if（temp_distance????????????????min_distance?=?temp_distance;
????????????????min_index?=?[ij];
????????????end
????????end
????end
????min_distance?=?+inf;
????index_of_cluster（index_of_cluster?==?min_index（2））?=?min_index（1）;
????unique_index?=?unique（index_of_cluster）;
????size_unique?=?size（unique_index）;
end
end

function?distance?=?distance_in_clusters（clusterA?clusterB）
%?define?the?distance?between?two?clusters:?average-linkage（The?mean?distance?between?elements?of?each?cluster）.?
A_size?=?size（clusterA）;B_size?=?size（clusterB）;
distance_AB?=?zeros（A_size（1）?B_size（1））;
for?i=1:A_size（1）
????for?j=1:B_size（1）
????????distance_AB（ij）?=?distance_in_points（clusterA（i:）?clusterB（j:））;
????end
end
distance?=?sum（sum（distance_AB））/（A_size（1）*B_size（1））;
end

function??dist?=?distance_in_points（vec1?vec2）
dist?=?sqrt（sum（（vec1-vec2）.^2））;
end

function?plot_points（DataSet?index_of_cluster）
unique_index?=?unique（index_of_cluster）;
point_type?=?‘mxkxbxrxcxgxyx‘;
j?=?1;
for?i=unique_index
????points?=?DataSet（index_of_cluster==i:）;
????plot（points（:1）?points（:2）point_type（（2*j-1）:（2*j）））
????j?=?j+1;
????hold?on
end
end

?屬性????????????大小?????日期????時間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
?????文件????????2043??2015-12-15?20:13??Hierarchical?clustering\HCA.asv
?????文件????????2035??2015-12-15?20:33??Hierarchical?clustering\HCA.m
?????文件?????????619??2015-12-15?11:43??Hierarchical?clustering\distance_in_clusters.asv
?????文件????????1600??2011-03-15?13:03??Hierarchical?clustering\testSet.txt
?????文件??????236278??2015-12-15?20:29??Hierarchical?clustering\untitled.bmp
?????目錄???????????0??2015-12-15?20:35??Hierarchical?clustering\