%--------------------------------------------------------------------------
%?????????????????????????????例9.1???系統(tǒng)聚類
%--------------------------------------------------------------------------

%******************************計(jì)算例9.1的距離矩陣*************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
y?=?pdist（x）????%計(jì)算樣品間歐氏距離
D?=?squareform（y）????%將距離向量轉(zhuǎn)為距離矩陣


%**************************根據(jù)原始數(shù)據(jù)創(chuàng)建系統(tǒng)聚類樹************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
Z?=?linkage（x?‘single‘?‘cityblock‘）????%利用最短距離法創(chuàng)建系統(tǒng)聚類樹


%***************************分步聚類，繪制聚類樹形圖*************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
y?=?pdist（x‘cityblock‘）;????%?計(jì)算樣品間絕對(duì)值距離
z?=?linkage（y）;????%?利用最短距離法創(chuàng)建系統(tǒng)聚類樹
%?設(shè)定每個(gè)觀測(cè)的標(biāo)簽
obslabel?=?{‘G1?=?{1}‘;‘G2?=?{2}‘;‘G3?=?{6}‘;‘G4?=?{8}‘;‘G5?=?{11}‘};
%?創(chuàng)建聚類樹形圖，方向?yàn)閺挠抑磷螅~節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽在左邊
[HT]?=?dendrogram（z‘orientation‘‘Right‘‘labels‘obslabel）;
set（H‘LineWidth‘2‘Color‘‘k‘）????%?設(shè)置線寬為2，顏色為黑色
xlabel（‘并類距離‘）??????%?設(shè)定X軸標(biāo)簽
text（1.11.65‘G6‘）????%?在點(diǎn)（1.11.65）處放置字符串‘G6‘
text（2.13.65‘G7‘）????%?在點(diǎn)（2.13.65）處放置字符串‘G7‘
text（3.14.4‘G8‘）?????%?在點(diǎn)（3.14.4）處放置字符串‘G8‘
text（4.13‘G9‘）???????%?在點(diǎn)（4.13）處放置字符串‘G9‘



%*******************計(jì)算7種系統(tǒng)聚類法對(duì)應(yīng)的Cophenetic相關(guān)系數(shù)****************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
y?=?pdist（x‘cityblock‘）;????%?計(jì)算樣品間絕對(duì)值距離
%?定義元胞數(shù)組method，各元胞分別對(duì)應(yīng)不同系統(tǒng)聚類法
method={‘a(chǎn)verage‘‘centroid‘‘complete‘‘median‘‘single‘‘ward‘‘weighted‘};
%?通過(guò)循環(huán)計(jì)算7種系統(tǒng)聚類法對(duì)應(yīng)的Cophenetic相關(guān)系數(shù)
for?i?=?1:7
????Z?=?linkage（ymethod{i}）;????%?利用第i種系統(tǒng)聚類法創(chuàng)建聚類樹
????c（i）?=?cophenet（Zy）;????%?計(jì)算第i種系統(tǒng)聚類法對(duì)應(yīng)的Cophenetic相關(guān)系數(shù)
end
c????%?查看Cophenetic相關(guān)系數(shù)值

Z?=?linkage（y?‘a(chǎn)verage‘）;????%?利用類平均法創(chuàng)建聚類樹
[c?d]?=?cophenet（Zy）????%?計(jì)算Cophenetic相關(guān)系數(shù)c和cophenetic距離向量d
RHO?=?corr（y‘d‘）????%?計(jì)算y和d的線性相關(guān)系數(shù)


%*************************調(diào)用cluster函數(shù)進(jìn)行系統(tǒng)聚類************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
y?=?pdist（x‘cityblock‘）;????%?計(jì)算樣品間絕對(duì)值距離
z?=?linkage（y）;????%?利用最短距離法創(chuàng)建聚類樹
T?=?cluster（z‘maxclust‘3）????%?將原始樣品聚為3類


%***********************調(diào)用clusterdata函數(shù)進(jìn)行系統(tǒng)聚類**********************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
T?=?clusterdata（x‘maxclust‘3）????%?將原始樣品聚為3類


%--------------------------------------------------------------------------
%???????????????????????????例9.1???K均值聚類
%--------------------------------------------------------------------------

x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
opts?=?statset（‘Display‘‘final‘）;????%?顯示每次聚類的最終結(jié)果
%?將原始的5個(gè)點(diǎn)聚為3類，距離采用絕對(duì)值距離，重復(fù)聚類5次，顯示每次聚類的最終結(jié)果
idx?=?kmeans（x3‘Distance‘‘city‘‘Replicates‘5‘Options‘opts）


%****************************繪制聚類輪廓圖*********************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測(cè)數(shù)據(jù)
%?將原始的5個(gè)點(diǎn)聚為3類，距離采用絕對(duì)值距離，重復(fù)聚類5次
idx?=?kmeans（x3‘Distance‘‘city‘‘Replicates‘5）;???
[S?H]?=?silhouette（xidx）????%?繪制輪廓圖，并返回輪廓值向量S和圖形句柄H

?屬性????????????大小?????日期????時(shí)間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
?????目錄???????????0??2017-09-02?23:39??聚類分析程序\
?????文件???????21504??2009-09-18?15:52??聚類分析程序\examp09_02.xls
?????文件???????16896??2009-09-24?20:54??聚類分析程序\examp09_03.xls
?????文件???????19456??2009-09-25?21:47??聚類分析程序\examp09_04.xls
?????文件???????20480??2009-12-05?16:41??聚類分析程序\examp09_05.xls
?????文件????????3348??2010-01-20?17:05??聚類分析程序\example09_01.m
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?????文件????????1226??2010-01-20?17:07??聚類分析程序\example09_05.m