將自然界的物種動態模型引入到遺傳算法當中，反映出物種的真實進化狀態，開發了基于演化設計的遺傳算法。算法采用自適應策略克服了確定交叉和變異概率值的問題，利用小種群策略和最優保留策略保證了種群的多樣性，改善了算法的尋優能力，進而提高了計算效率。運用該遺傳算法求解分子對接優化模型，給出基于演化設計的分子對接程序。對接實例表明，算法能有效應用于分子對接問題中。