import?numpy?as?np
from?glob?import?glob
import?os
import?SimpleITK?as?sitk
from?skimage.morphology?import?disk?binary_erosion?binary_closing
from?skimage.measure?import?labelregionprops
from?skimage.filters?import?roberts
from?skimage.segmentation?import?clear_border
from?scipy?import?ndimage?as?ndi



def?get_filename（file_list?case）:
????for?f?in?file_list:
????????if?case?in?f:
????????????return（f）


????????????
def?segment_lung（scr_path?output_lung_path）:
#對CT數據集進行肺實質分割
????file_list=glob（scr_path+“*“）
????for?img_file?in?file_list:
????????file_name?=?str（img_file）.split（“/“）[-1]
????????print?（“on?image“?img_file）
????????#?load?the?data?once
????????reader?=?sitk.ImageSeriesReader（）
????????dicom_names?=?reader.GetGDCMSeriesFileNames（img_file）
????????reader.SetFileNames（dicom_names）
????????image?=?reader.Execute（）
????????imgs_array?=?sitk.GetArrayFromImage（image）?#?z?y?x

????????
????????final_lungs?=?np.ndarray（[imgs_array.shape[0]imgs_array.shape[1]imgs_array.shape[2]]dtype=np.float32）
#????????final_lungmasks?=?np.ndarray（[imgs_array.shape[0]imgs_array.shape[1]imgs_array.shape[2]]dtype=np.float32）
????????for?i?in?range（len（imgs_array））:
????????????img?=?imgs_array[i]
????????????binary?=?img?????????????cleared?=?clear_border（binary）??#Remove?the?blobs?connected?to?the?border?of?the?image.
????????????label_image?=?label（cleared）??#Label?the?image.
????????????areas?=?[r.area?for?r?in?regionprops（label_image）]??#Keep?the?labels?with?2?largest?areas.
????????????areas.sort（）
????????????if?len（